Biología computacional · Investigación · Sistemas
Quintero-L, O.
Construyo sistemas para comprender sistemas.
Trabajo en la intersección entre biología, bioinformática y computación: de los datos genómicos a las herramientas que permiten interpretarlos.
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Cuatro perspectivas, un mismo problema
El trabajo científico conecta organismos, mediciones, software y decisiones. Estas áreas no son compartimentos separados.
- 01
Sistemas biológicos
Genómica, bioinformática y biología de sistemas como punto de partida.
- 02
Sistemas computacionales
Flujos reproducibles, software e infraestructura para analizar datos.
- 03
Sistemas inteligentes
Modelos y agentes como preguntas de investigación, no como resultados supuestos.
- 04
Sistemas físicos
Instrumentos, sensores y el entorno donde nacen las mediciones.
Lo que conecta todo
Un mapa de cómo pienso
Me mueve comprender cómo funcionan los sistemas que me rodean. La vida, la informática y los procesos cotidianos son misterios que me gusta explorar. Mi formación en biología se cruza con la programación y la electrónica en esa búsqueda.
Leer las ideas y sus conexiones
Una pregunta central, distintas maneras de explorar. Las líneas son relaciones conceptuales, no dependencias técnicas ni resultados experimentales.
Pregunta personal
Comprender sistemas
Me mueve comprender cómo funcionan los sistemas que me rodean. La vida, la informática y los procesos cotidianos son misterios que me gusta explorar. Mi formación en biología se cruza con la programación y la electrónica en esa búsqueda.
Perspectiva
Vida y biología
Mi formación en biología es un punto de partida para explorar la vida: de las secuencias y los organismos a las relaciones que los hacen funcionar.
Perspectiva
Código y computación
La programación es otra forma de explorar sistemas: transformar datos, probar procedimientos y construir herramientas para hacer preguntas biológicas.
Perspectiva
Electrónica y medición
Me interesa explorar la electrónica para entender cómo sensores, instrumentos y controladores conectan lo que ocurre en el mundo físico con los datos y el código.
Perspectiva
Sistemas cotidianos
La curiosidad no se queda en el laboratorio. También está en los procesos que me rodean cada día: observarlos y preguntarme cómo funcionan es parte de esa misma búsqueda.
Forma de explorar
Modelos y agentes
Los modelos permiten representar partes de un sistema y examinar su comportamiento. Los agentes científicos abren otra pregunta: cómo planificar, evaluar y revisar un análisis sin perder sus límites ni su trazabilidad.
Forma de explorar
Redes metabólicas
La biología de sistemas conecta genes, reacciones y flujos. La reconstrucción metabólica de mi tesis es una forma concreta de estudiar esas relaciones a escala genómica.
Forma de explorar
Flujos reproducibles
Comprender un análisis también exige poder recorrerlo otra vez: código versionado, entornos definidos y pasos documentados que conectan los datos con los resultados.
Forma de explorar
Del fenómeno al dato
Medir conecta un fenómeno con una pregunta que podemos estudiar. Las ideas del laboratorio exploran cómo registrar condiciones y observaciones para después interpretarlas.
Herramienta
Editor de vectores
Prueba tu clonación antes de tocar la pipeta: enzimas REBASE o propias, extremos reales y el plásmido resultante en mapa y FASTA vinculados.
Explorar en el sitioPerspectiva
Laboratorio conectado
Dispositivos para cultivo, monitoreo e instrumentación que reportan a un sistema central en Home Assistant. Cada proyecto muestra su estado real: lo que aún es idea se ve como plano.
Explorar en el sitioInvestigación documentada
Genoma de papa criolla
Una tesis de maestría sobre el ensamblaje y la anotación del genoma de la variedad Colombia de papa criolla y la reconstrucción de un modelo metabólico.
Explorar en el sitioInvestigación documentada
Pipeline de RNA-seq
Una tesis de pregrado sobre el diseño de un pipeline reproducible para analizar datos de RNA-Seq de mutantes sólidos de papa criolla.
Explorar en el sitioInvestigación documentada
GenomeAgent
En desarrollo
Un agente científico que planifica, ejecuta, evalúa y replantea ensamblajes de genomas, con un modelo de lenguaje que razona y un harness que tiene la última palabra.
Explorar en el sitioProyecto de laboratorio
Fotobiorreactor
Idea
Un sistema para cultivar microalgas y cianobacterias como la espirulina, que mide la luz y regula los LED según lo que el cultivo necesita.
Explorar en el sitioProyecto de laboratorio
Monitor de plantas
Idea
Sensores de pH y humedad del sustrato que avisan cuando las plantas necesitan agua.
Explorar en el sitioProyecto de laboratorio
Cuantificador de ADN
Idea
Explorar que las mediciones del cuantificador de ADN lleguen directamente al sistema central del laboratorio.
Explorar en el sitioProyecto de laboratorio
Termociclador conectado
Idea
Explorar un termociclador con conectividad IoT para que su registro llegue al sistema central del laboratorio.
Explorar en el sitioProyecto de laboratorio
Cabina de flujo
Idea
Explorar el monitoreo de la cabina de flujo laminar desde el sistema central del laboratorio.
Explorar en el sitioProyecto de laboratorio
Incubadora con agitación
Idea
Una incubadora con agitación controlada por un ESP32 e integrada con Home Assistant para automatizar su funcionamiento.
Explorar en el sitio
Se conecta con
- Comprender sistemas ↔ Vida y biología
La vida es uno de los sistemas que quiero comprender.
- Comprender sistemas ↔ Código y computación
La informática es otro de los misterios que me gusta explorar.
- Comprender sistemas ↔ Electrónica y medición
Explorar la electrónica me acerca a cómo funciona el mundo físico.
- Comprender sistemas ↔ Sistemas cotidianos
Esa misma curiosidad parte de los procesos que me rodean cada día.
- Vida y biología ↔ Código y computación
La bioinformática une preguntas biológicas con métodos computacionales.
- Código y computación ↔ Electrónica y medición
El código y los controladores permiten leer sensores y actuar sobre instrumentos.
- Electrónica y medición ↔ Sistemas cotidianos
La electrónica es una vía para explorar procesos físicos cotidianos.
- Vida y biología ↔ Redes metabólicas
Las redes metabólicas describen relaciones entre reacciones de un organismo.
- Redes metabólicas ↔ Modelos y agentes
La reconstrucción metabólica representa un sistema como un modelo de reacciones y flujos.
- Modelos y agentes ↔ Código y computación
El cómputo permite simular modelos y ejecutar ciclos de planificación y evaluación.
- Código y computación ↔ Flujos reproducibles
Los procedimientos computacionales necesitan pasos y entornos que se puedan repetir.
- Electrónica y medición ↔ Del fenómeno al dato
Los sensores e instrumentos convierten observaciones físicas en registros.
- Del fenómeno al dato ↔ Vida y biología
Las mediciones permiten estudiar organismos y sus condiciones.
- Del fenómeno al dato ↔ Flujos reproducibles
Registrar cómo se obtuvo un dato permite interpretar y revisar el análisis.
- Genoma de papa criolla ↔ Vida y biología
Mi tesis aborda el ensamblaje y la anotación del genoma de papa criolla.
- Genoma de papa criolla ↔ Redes metabólicas
La tesis conecta el genoma anotado con la reconstrucción de un modelo metabólico.
- Pipeline de RNA-seq ↔ Vida y biología
El trabajo de grado estudia datos de RNA-seq de papa criolla.
- Pipeline de RNA-seq ↔ Flujos reproducibles
El pipeline organiza los pasos de procesamiento de RNA-seq.
- Pipeline de RNA-seq ↔ Código y computación
El análisis convierte procedimientos repetitivos en un flujo computacional.
- Editor de vectores ↔ Vida y biología
La herramienta permite explorar cortes, extremos y ligación de secuencias.
- Editor de vectores ↔ Código y computación
La simulación y la visualización se ejecutan en el navegador.
- GenomeAgent ↔ Modelos y agentes
GenomeAgent explora planificación y evaluación de estrategias de ensamblaje.
- GenomeAgent ↔ Flujos reproducibles
El harness controla recursos, validación y procedencia del análisis.
- GenomeAgent ↔ Vida y biología
La pregunta de investigación es cómo ensamblar un genoma bajo límites de recursos.
- Laboratorio conectado ↔ Electrónica y medición
Los proyectos exploran instrumentos y controladores conectados.
- Laboratorio conectado ↔ Sistemas cotidianos
El laboratorio traslada preguntas sobre procesos físicos a proyectos concretos.
- Laboratorio conectado ↔ Del fenómeno al dato
Registrar condiciones y lecturas es un hilo común de las ideas del laboratorio.
- Fotobiorreactor ↔ Vida y biología
La idea parte del cultivo de microalgas y cianobacterias.
- Fotobiorreactor ↔ Electrónica y medición
Se propone medir la luz y regular LED según las condiciones del cultivo.
- Monitor de plantas ↔ Vida y biología
La idea busca observar las condiciones del sustrato de las plantas.
- Monitor de plantas ↔ Sistemas cotidianos
El cuidado de plantas conecta una pregunta cotidiana con sensores y avisos.
- Fotobiorreactor ↔ Laboratorio conectado
Es una de las ideas documentadas del laboratorio, con su estado publicado.
- Monitor de plantas ↔ Laboratorio conectado
Es una de las ideas documentadas del laboratorio, con su estado publicado.
- Cuantificador de ADN ↔ Laboratorio conectado
Es una de las ideas documentadas del laboratorio, con su estado publicado.
- Termociclador conectado ↔ Laboratorio conectado
Es una de las ideas documentadas del laboratorio, con su estado publicado.
- Cabina de flujo ↔ Laboratorio conectado
Es una de las ideas documentadas del laboratorio, con su estado publicado.
- Incubadora con agitación ↔ Laboratorio conectado
Es una de las ideas documentadas del laboratorio, con su estado publicado.
Laboratorio
Red del laboratorio
Los dispositivos de bajo consumo transmiten por LoRa para no congestionar el Wi-Fi; un gateway LoRa reúne las lecturas y Home Assistant las centraliza y automatiza.
Plano punteado: idea · contorno que late: prototipo · paquetes en tránsito: experimental o activo
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Investigación documentada
Del genoma a un modelo metabólico
Una tesis sobre el ensamblaje genómico y la reconstrucción metabólica de la variedad Colombia de papa criolla, disponible en el repositorio de la Universidad Nacional de Colombia.
Conocer la investigación03 / 03
Trayectoria
Formación y herramientas
El CV reúne mi formación y experiencia técnica en un formato convencional.
Ver CV